Ο Ιωάννης Καποδίστριας γεννήθηκε στην πόλη της Κέρκυρας, στη «χώρα» για τους Κερκυραίους, στις 31 Ιανουαρίου του 1776. Ο πατέρας του ήταν ο Αντώνιος - Μαρία Καποδίστριας και μητέρα του η Αδαμαντίνη, του κυπριακού γένους Γονέμη. Η οικογένεια Καποδίστρια ήλθε στην Κέρκυρα κατά τον ΙΔ΄ αιώνα και έλκει την καταγωγή της από την πόλη Ιουστινούπολη, πόλη χτισμένη σε ακρωτήριο της χερσονήσου της Ιστρίας, της Δαλματίας δηλαδή (capo d’Istria), που ανήκει στη σημερινή Κροατία. To capo d’Istria θα δώσει και το επίθετο στην οικογένεια. Στην περίπτωσή μας αυτό δεν είναι αιτία για να αμφισβητηθεί η ελληνικότητα του Καποδίστρια (βλ. «Νέα» 1-2-12 Ρούλα Γεωργακοπούλου «Λαός και Κολωνάκι»). Το από πού κατάγονται οι ρίζες κάθε ελληνικής οικογένειας θα ήταν άθλος για έναν ερευνητή, μάλλον ακατόρθωτος και, φυσικά, η έρευνα αυτή θα έφθανε σε τρελά συμπεράσματα.

Συνήθως οι τρέχουσες βιογραφίες του Καποδίστρια αναφέρουν ότι ο πατέρας του καταγόταν από οικογένεια ευγενών, καθώς ένας από τους προγόνους του είχε λάβει τον τίτλο του Κόμη από το δούκα της Σαβοΐας Κάρολο Εμμανουήλ τον Β΄ Ο πλούτος συνήθως ταυτιζόταν με την ευγένεια. Ιστορικά όμως το γεγονός αυτό δεν είναι εξακριβωμένο. Ο τίτλος του κόμη αναγνωρίστηκε από τη Βενετική Δημοκρατία το 1796 και από την Πολιτεία των Ιονίων Νήσων το 1740. Τέλος πάντων. Ο τίτλος των Καποδίστρια εισήχθη στη «Χρυσή Βίβλο» (Libro D’Oro) των ευγενών της Κέρκυρας το 1679. Η οικογένεια της μητέρας του Διαμαντίνας (Αδαμαντίνης) Γονέμη με καταγωγή από την Κύπρο ήταν επίσης καταγραμμένη στη «Χρυσή Βίβλο» από το 1609.