στο να αντιληφθούν οι ενδιαφερόμενοι τις ιδιαιτερότητες
των μυκήτων, που δεν καλύπτονται από τα γενικά μαθήματα βοτανικής και ζωολογίας. Χωρίζεται σε 5 μέρη: η εισαγωγή αναφέρει τη θέση των μυκήτων στο έμβιο σύμπαν της γήινης βιόσφαιρας και τα βασικά βιολογικά φαινόμενα που τους αφορούν.
Στο κομμάτι της Βασικής Μυκητολογίας παρουσιάζεται η βιολογία και τα χαρακτηριστικά των μυκήτων σε κυτταρικό και οργανισμικό επίπεδο (αναπαραγωγή, παθογονικότητα, προσαρμοστικότητα). Ακολουθούν σύντομες αναφορές στις πλέον γνωστές μυκητοτοξίνες, και στους αντιμυκητιακούς παράγοντες, με εστίαση στους γενικούς μηχανισμούς δράσης. Τελευταίο είναι το κομμάτι με τις βασικές αρχές εργαστηριακού χειρισμού μυκήτων, διαρθρωμένο
για τη διευκόλυνση εργαστηριακών Ασκήσεων.
Η πρόθεση των συγγραφέων είναι να αποκτήσει ο αναγνώστης μια σαφή ιδέα των οργανισμών αυτών προτού περάσει στην εξειδικευμένη μελέτη (διάγνωση, βιοτεχνολογία οικοσυστηματικές σπουδές) στα πλαίσια ειδικότητας, μεταπτυχιακού ή διδακτορικού και να εμπεδώσει καλύτερα τις διαδικασίες που θα απαιτηθούν στην εργασία του. Υπάρχει εστίαση στη λογική και τους μηχανισμούς που εμπλέκονται σε διάγνωση και θεραπεία μυκητιάσεων, καθώς και σε τυπικά παραδείγματα ώστε να γίνει κατανοητή η επιστημονική διάσταση.
ΕΙΣΑΓΩΓΗ 1
1.1 Ο ΕΜΒΙΟΣ ΚΟΣΜΟΣ 1
1.2 ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ 4
1.3 ΤΡΟΠΟΙ ΔΙΑΒΙΩΣΗΣ 6
1.3.1 ΠΑΡΑΣΙΤΙΣΜΟΣ 6
1.3.2 ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΑΝΑΛΟΓΑ ΜΕ ΤΟΥΣ ΤΡΟΠΟΥΣ ΔΙΑΤΡΟΦΗΣ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΗΓΗ ΤΩΝ ΘΡΕΠΤΙΚΩΝ ΟΥΣΙΩΝ 7
Ολοφυτική διαβίωση 7
Σαπροφυτική διαβίωση 8
Σαπροζωική διαβίωση 8
Ολοζωική διαβίωση 8
1.3.3 ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΑΝΑΛΟΓΑ ΜΕ ΤΗΝ ΠΗΓΗ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ 9
ΒΑΣΙΚΗ ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΑ 11
2.1 ΦΥΣΗ ΤΩΝ ΜΥΚΗΤΩΝ 11
2.2 ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ 17
2.2.1 ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΚΟ ΣΥΣΤΗΜΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗΣ 17
2.2.2 ΜΟΡΙΑΚΟ-ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΟ ΣΥΣΤΗΜΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗΣ 19
2.2.3 Η ΕΝΝΟΙΑ ΤΟΥ ΜΥΚΗΤΙΑΚΟΥ ΕΙΔΟΥΣ 20
2.3 ΑΝΑΠΤΥΞΗ, ΜΟΡΦΕΣ ΚΑΙ ΙΔΙΟΤΗΤΕΣ ΘΑΛΛΙΚΗΣ ΦΑΣΗΣ 21
2.4 ΣΕΞΟΥΑΛΙΚΟΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΣΕΞΟΥΑΛΙΚΟΣ ΚΥΚΛΟΣ 29
2.4.1 ΣΕΞΟΥΑΛΙΚΟΣ ΚΥΚΛΟΣ 29
2.4.2 ΠΑΡΑΣΕΞΟΥΑΛΙΚΟΣ ΚΥΚΛΟΣ 32
2.5 ΜΥΚΗΤΙΑΣΕΙΣ 34
2.5.1 ΦΥΣΙΟΛΟΓΙΚΗ ΧΛΩΡΙΔΑ – ΕΠΟΙΚΙΣΜΟΣ 34
2.5.2 ΠΑΘΟΓΟΝΟΙ, ΜΗ ΠΑΘΟΓΟΝΟΙ (ΑΒΛΑΒΕΙΣ) ΚΑΙ ΕΥΚΑΙΡΙΑΚΑ/ΔΥΝΗΤΙΚΑ ΠΑΘΟΓΟΝΟΙ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ 35
2.5.3 ΠΡΟΕΛΕΥΣΗ ΚΑΙ ΜΕΤΑΔΟΣΗ ΠΑΘΟΓΟΝΩΝ ΜΙΚΡΟΒΙΩΝ 36
2.5.4 ΠΥΛΕΣ ΕΙΣΟΔΟΥ – ΤΥΧΗ ΤΩΝ ΜΥΚΗΤΩΝ ΜΕΤΑ ΤΗΝ ΕΙΣΟΔΟ ΣΤΟΝ ΜΑΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟ/ΑΝΘΡΩΠΟ 37
2.5.5 ΕΙΔΗ ΜΥΚΗΤΙΑΣΕΩΝ ΚΑΙ ΑΙΤΙΟΛΟΓΙΚΟΙ ΠΑΡΑΓΟΝΤΕΣ 39
2.5.6 ΛΟΙΜΟΓΟΝΟΙ ΠΑΡΑΓΟΝΤΕΣ ΜΥΚΗΤΩΝ ΤΟΥ ΓΕΝΟΥΣ
Aspergillus 44
Αεροδυναμική Διερεύνηση 44
Ανοσοαπόκριση και Καταστολή 47
2.5.7 ΣΥΝΗΘΕΙΣ ΔΕΡΜΑΤΟΜΥΚΗΤΙΑΣΕΙΣ 52
Ποικιλόχροη πιτυρίαση 52
Σμηγματορροϊκή Δερματίτιδα 52
Ατοπική Δερματίτιδα 52
Θυλακίτιδα 53
Μυκητιάσεις ποδιών 53
Μυκητιάσεις τριχωτού κεφαλής και δέρματος 54
2.6 ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΚΑΙ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΗ ΣΗΜΑΣΙΑ ΤΩΝ ΜΥΚΗΤΩΝ 54
ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΜΥΚΗΤΟTOΞΙΝΟΛΟΓΙΑΣ 57
3.1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ 57
3.2 ΦΥΣΗ – ΠΡΟΕΛΕΥΣΗ – ΠΑΡΑΓΩΓΗ 57
Aspergillus 58
Penicillium 58
Fusarium 59
3.3 ΠΡΟΚΑΛΟΥΜΕΝΕΣ ΑΣΘΕΝΕΙΕΣ 59
3.3.1 ΕΡΓΟΤΙΣΜΟΣ 60
3.3.2 ΤΟΞΙΚΩΣΗ ΑΠΟ Stachybotrys 60
3.3.3 ΛΟΥΠΙΝΩΣΗ 60
3.3.4 ΤΡΟΦΙΚΗ ΤΟΞΙΚΗ ΑΛΕΥΚΙΑ 61
3.3.5 ΝΟΣΟΣ ΤΟΥ ΚΙΤΡΙΝΟΥ ΡΥΖΙΟΥ (Shoshin-hakkedisease) 61
3.3.6 ΤΟΞΙΚΩΣΗ ΧΟΙΡΩΝ ΑΠΟ ΜΟΥΧΛΙΑΣΜΕΝΟ ΚΑΛΑΜΠΟΚΙ 61
3.4 ΕΙΔΗ ΚΥΡΙΟΤΕΡΩΝ ΜΥΚΗΤΟΤΟΞΙΝΩΝ 61
3.4.1 ΑΦΛΑΤΟΞΙΝΕΣ 61
3.4.2 ΣΤΗΡΙΓΜΑΤΟΚΥΣΤΙΝΗ 62
3.4.3 ΟΧΡΑΤΟΞΙΝΗ ΚΑΙ ΚΙΤΡΙΝΙΝΗ 62
3.5 Η ΟΡΑΤΗ ΑΠΕΙΛΗ 62
ΑΝΤΙΜΥΚΗΤΙΑΣΙΚΑ ΦΑΡΜΑΚΑ 65
4.1 ΓΕΝΙΚΑ 65
4.2 ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΔΡΑΣΗΣ ΒΑΣΙΚΩΝ ΑΝΤΙΜΥΚΗΤΙΑΣΙΚΩΝ ΦΑΡΜΑΚΩΝ 65
4.2.1 ΑΖΟΛΕΣ 65
4.2.2 ΠΟΛΥΕΝΙΑ 66
4.2.3 ΕΧΙΝΟΚΑΝΔΙΝΕΣ 67
4.2.4 5-ΦΘΟΡΙΟΚΥΤΟΣΙΝΗ 67
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΑ 69
5.1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΑ 69
5.2 ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΔΙΑΦΟΡΙΚΗΣ ΔΙΑΓΝΩΣΗΣ 71
5.3 ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΚΟ ΠΑΡΑΣΚΕΥΑΣΜΑ 78
5.3.1 ΝΩΠΟ ΠΑΡΑΣΚΕΥΑΣΜΑ 79
5.3.2 ΜΟΝΙΜΟ ΠΑΡΑΣΚΕΥΑΣΜΑ 79
5.3.3 ΕΠΙΧΡΙΣΜΑ 80
5.4 ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΕΣ ΜΥΚΗΤΩΝ 82
5.4.1 ΘΡΕΠΤΙΚΑ ΥΠΟΣΤΡΩΜΑΤΑ 83
Τυπικά μυκητολογικά θρεπτικά υλικά 85
5.4.2 ΕΙΔΗ ΕΝΟΦΘΑΛΜΙΣΜΟΥ 87
Στερεές καλλιέργειες 87
Ρευστές καλλιέργειες 91
5.4.3 ΜΑΚΡΟΣΚΟΠΙΚΗ ΕΞΕΤΑΣΗ ΜΥΚΗΛΙΑΚΟΥ ΜΥΚΗΤΑ: ΠΕΡΙΓΡΑΦΗ ΤΡΥΒΛΙΟΥ 91
Βασικές παράμετροι μακροσκοπικής εξέτασης στερεάς
μυκητιακής καλλιέργειας 94
Ειδικοί χαρακτήρες στερεάς μυκητιακής καλλιέργειας 94
5.5 ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΔΟΚΙΜΕΣ ΦΑΡΜΑΚΩΝ 95
5.5.1 ΤΑΙΝΙΕΣ ΜΕΤΡΗΣΗΣ ΕΑΠ (Ε-test® και MICstrips®) 97
5.5.2 M.I.C./Ε.Α.Π. 99
Παρασκευή εναιωρήματος μικροοργανισμού 99
Παρασκευή αραιώσεων φαρμάκων 100
Εξέταση 102
Μάρτυρες της εξέτασης 102
Ανάγνωση αποτελεσμάτων 103
5.5.3 ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΕΑΠ ΜΕ ΔΙΑΔΟΧΙΚΕΣ ΑΡΑΙΩΣΕΙΣ ΣΕ ΑΓΑΡ 104
5.5.4 ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΕΥΑΙΣΘΗΣΙΑΣ ΜΕ ΔΙΣΚΟΥΣ
ΑΝΤΙΜΥΚΗΤΙΑΚΩΝ ΠΑΡΑΓΟΝΤΩΝ 106
5.5.5 ΠΟΙΟΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ 107
5.6 ΔΕΙΓΜΑΤΟΛΗΨΙΑ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ 108
5.7 ΜΟΡΙΑΚΗ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΔΙΑΦΟΡΙΚΗΣ ΔΙΑΓΝΩΣΗΣ 110
5.7.1 ΟΡΙΣΜΟΙ ΚΑΙ ΦΙΛΟΣΟΦΙΑ 110
5.7.2 ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ 114
Εκχύλιση πυρηνικών οξέων 115
Κύρια μοριακή μέθοδος 117
Μέθοδοι ανάγνωσης αποτελεσμάτων 119
5.8 ΠΡΟΣΑΡΤΗΜΑ: ΕΝΔΕΙΚΤΙΚΑ ΠΡΩΤΟΚΟΛΛΑ
ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΑΣ 122
5.8.1 ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΑ ΠΡΩΤΟΚΟΛΛΑ ΕΚΧΥΛΙΣΗΣ
ΠΥΡΗΝΙΚΩΝ ΟΞΕΩΝ 122
Πρωτόκολλο πρώτο: Εκχύλιση πυρηνικών οξέων από καθαρό καλλιέργημα Ασπεργίλλου 122
Πρωτόκολλο δεύτερο: Εκχύλιση DΝΑ μυκήτων από βιολογικά υγρά κλινικής σημασίας 123
Πρωτόκολλο τρίτο: Ταχεία μέθοδος εκχύλισης μυκητιακού DNA από καθαρό καλλιέργημα σε στερεό θρεπτικό υλικό 125
Γενικό πειραματικό πρωτόκολλο ενίσχυσης DΝΑ με αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης σε θερμικό κυκλοποιητή (PCR) 126
Πειραματικό πρωτόκολλο για περιοριστικές πέψεις σε προϊόν PCR 126
Πρωτόκολλο για ηλεκτροφόρηση προϊόντων αλυσιδωτής
αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) και περιοριστικών πέψεων 127
5.9 ΟΡΟΛΟΓΙΚΗ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΔΙΑΦΟΡΙΚΗΣ ΔΙΑΓΝΩΣΗΣ 128
5.9.1 ΟΡΟΛΟΓΙΚΗ ΔΙΑΓΝΩΣΗ ΣΥΣΤΗΜΑΤΙΚΩΝ ΜΥΚΗΤΙΑΣΕΩΝ 130
5.10 ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΑΣΦΑΛΕΙΑΣ ΜΥΚΗΤΟΛΟΓΙΚΟΥ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΥ 134
